二、 北京城鄉一體化進程中存在的問題
(一)農村土地制度變革步伐緩慢，制約城鄉一體化發展
城鄉二元的土地制度是城鄉二元結構的根本原因之一。相比國有土地，農村集體土地的權利安排和制度設計存在很多限制，集體經濟組織需要在獲得相關批準的情況下，在土地利用總體規劃確定的建設用地上內部使用或者與其他單位、個人以土地使用權入股、聯營時才可以將土地用于非農產業發展，制約了農民從事非農產業發展的機會，也使得違法使用集體建設用地的情況屢屢出現。另外，北京農村地區的土地權屬爭議不僅是國有和集體土地的問題，還涉及大量的中央單位，農村基層組織難以有效管理。
目前，北京農村集體土地制度的變革處于起步階段，農村土地流轉正在試點和探索中，在構建城鄉一體化的建設用地市場以及耕地流轉方面，與成都、重慶、蘇州等地存在較大差距，缺乏有效的城鄉統籌機制。廉價出租房在京郊特別是城鄉結合部地區大量出現，帶來環境和安全等諸多問題。在城鎮化推進過程中，農村居民無法分享土地增值收益，農轉居人口的土地補償收益無法維持其長期生活支出，基本公共服務無法得到保障，迫使他們通過私搭亂建或群租等方式獲取短期收益。而在農村地區，由于土地和伴生的集體資產難以市場化，農村土地普遍存在低效利用等問題，農村和農業的現代化進程受到制約。
(二)農村經濟質量和效益有待提高，農民就業增收和生活改善困難
北京農村地區的產業發展呈現“小、散、低”的特征，第三產業占比僅為6%，第二產業占比超過50%。近十年，農村經濟組織整體利潤率不足4%。農村集體資產空間分布不均衡，2014年，僅海淀、豐臺、朝陽三區的資產總計就達到2907億元，占全市農村資產總數的55.8%。海淀、豐臺的集體資產均已經超過千億，而遠郊山區的集體資產均不足百億。低收入村農民人均所得比全市平均增速低0.4個百分點。首都郊區城鎮化進程不斷加快，農村經濟和社會結構全面轉型，需要實施鄉鎮統籌發展，但是與村級核算體制之間的矛盾日益凸顯，繼續維持“戶自為戰”“村自為戰”的碎片化的產權格局已難以實現資源的集中優化配置，在整體發展上顯現出很大的局限性，截至2015年上半年，收不抵支的集體經濟組織增加到2037個，占51.4%。集體資產負債增長率連續高于資產規模增長率，人均集體經濟主營業務利潤水平長期低于人均農村經濟主營業務利潤水平，這與村莊“各自為戰”產業結構“小、散、低”有直接關系。農村集體建設用地產權碎片化，加之受到城鄉二元體制制約，集體產業呈現典型的低端、粗放式發展模式，運作極不規范，資產、負債等方面的重大理財決策監督不夠科學。成為疏解非首都功能的對象，亟待通過改革轉型，實現聯合化、規模化和綜合化發展。農村地區的基礎設施和公共服務基本上由鄉村集體組織提供及維護，集體經濟組織發展水平低，入不敷出的狀況影響農民就業安置、收入增長和公共服務、社會保障的提供。
京津冀協同發展和非首都功能的疏解客觀上要求傳統低端的農村集體產業加快退出。城鄉二元規劃與土地管理制度下，集體土地利用低效，產業層次低，1536平方公里集體建設用地上的產業和人口成為疏解非首都功能的重點。